Ako klikneš, i ono „Open with“ (ako je tako na engleskom ;-) nestane, onda Nautilus najverovatnije pokušava da otvori fajl. Problem je onda u nekoj od bonobo komponenti koju on tada učitava (npr. ja sam imao problema sa ggv [program za čitanje postscript fajlova]).
Probaj da budeš malo precizniji, i da ako već ne možeš da budeš isključiv, daš npr. snimak ekrana.
Takođe, da li ti se to dešava sa svim fajlovima (onda je ovo gore malo verovatno), ili samo sa nekim. Uz to, da li imaš instaliran Xrender i koju verziju (njega najverovatnije koristi za „alpha“ pri izboru ikone, pa i to može biti razlog).
Opet, ako si sklon i „hakerskim“ zahvatima, pokreni Nautilus iz gdb-a, i onda pogledaj u kojoj se funkciji to dešava.
Možda se moje mišljenje promenilo, ali ne i činjenica da sam u pravu.