Prvo da razjasnimo da li želiš da:
1. radiš sa više baza na istom serveru ili
2. da radiš sa više baza na različitim serverima
I pod 1. i pod 2. odgovor je da može.
Ako ti treba pod 1. nema neke mudrosti, samo pre imena tabele ide naziv baze
na primer... JOIN baza2.tabela1 ON (baza1.tabela1.polje1 = baza2.tabela1.polje1)
Ako je pod dva, onda ti treba FEDERATED storage koji MySql ima od petice.
Možeš da počneš odavde:
http://dev.mysql.com/doc/refma.../federated-storage-engine.html
Generalno, ovo i nije problem koji je u domenu konektora.
Za dalja pitanja, mislim da je najbolje da se preselimo na MySql forum.
Pozdrav.